Le Rhône et la Saône sont deux éléments structurants de la métropole. Poursuivant les politiques du Plan Bleu et du Plan Rhône, le SCOT veut renforcer leur rôle au sein du territoire.

Les berges des fleuves constituent à la fois un éco-système faisant obstacle aux crues, le support de pratiques récréatives diversifiées et un espace privilégié de mise en valeur du paysage urbain. Leur aménagement devra donc être poursuivi.

Le transport fluvial est l'autre fonction majeure des cours d'eau. Ce mode particulièrement écologique et économique doit être encouragé. Dans la perspective d’une liaison Saône/Moselle, le SCOT souhaite conforter le système portuaire lyonnais en prévoyant des nouvelles plateformes au Nord et au Sud de l’agglomération.