S’appuyer sur les réseaux existants
Parallèlement au SCOT, de nombreuses autres démarches de planification urbaine sont en cours d’élaboration ou ont déjà été adoptées. L’objectif du SCOT ne consiste pas à doublonner les documents de planification ou projets existants (PLU, PLH, PDU, Agenda 21, Lyon 2020, Grand Lyon esprit d’entreprise...), mais à construire un cadre de cohérence visant à les faire converger. Ces démarches vont alimenter le SCOT, qui s’appuiera sur leurs expertises et leurs réseaux tout en s’ouvrant sur d’autres thèmes que l’aménagement.

Principes de compatibilité
Le SCOT de l’agglomération lyonnaise devra être compatible avec les Projets d’intérêt général (PIG) et les opérations d’intérêt national ainsi qu’avec la Directive territoriale d’aménagement (DTA) de l’aire métropolitaine lyonnaise, lorsqu’elle sera approuvée. Il devra également respecter les principes de la loi SRU : équilibre, diversité des fonctions urbaines, mixité sociale, respect de l’environnement.
À l’inverse, selon le principe de compatibilité, le SCOT s’imposera  :
- aux documents de planification sectoriels (PLH, PDU, Schéma de développement commercial, Schéma de développement économique…) ;
-  aux documents d’urbanisme (PLU, carte communale, Plan de sauvegarde et de mise en valeur) ;
- à certaines opérations foncières et d’aménagement (Zone d’aménagement différé, Zone d'aménagement concerté, lotissements, réserves foncières supérieures à 5 ha, autorisations commerciales...)