Présidé par Gérard Collomb, le Sepal est un syndicat mixte, dans la mesure où il regroupe des collectivités de natures différentes :

-  3 établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) : la Communauté urbaine de Lyon (Grand Lyon), la Communauté de communes de l’Est lyonnais (CCEL) et la Communauté de communes du Pays de l’Ozon (CCPO) ;

-  4 communes isolées n'ayant pas délégué la compétence "Schéma directeur" à une communauté de communes : Chaponnay, Marennes, Saint-Pierre-de-Chandieu, Toussieu.